커피콩이 오래되면 곰팡이 독소가 생길 수 있다. 오크라톡신A, 아플라톡신B1와 같은 곰팡이는 간암을 유발할 수 있기 때문에 주의해야 한다. 제일 좋은 방법은 눈으로 직접 원두 상태를 확인한 다음 로스팅해서 내려 먹는 것인데 현실적으로 어렵다. 그래서 깐깐 하게 검수하고 로스팅한 원두로 커피를 내려주는 로스터리 카페를 이용하면 좋다.

볶지 않은 그린 커피, 가볍게 볶은 라이트 로스팅 커피, 중간 정도로 볶은 미디엄 로스팅 커피, 많이 볶은 다크 로스팅 커피로 나누었을 때 총 페놀 함량과 항산화 활성도를 살펴보면 라이트 로스팅 커피가 가장 많았고 로스팅 시간이 길어질수록 줄어들었다. 그래서 커피의 좋은 점을 누리려면 산미 있는 라이트 로스팅 커피가 좋지만 위장이 약한 분들은 산미 있는 커피가 위를 자극한다는 문제가 있다.

많은 사람들이 피곤할 때 커피를 찾는다. 피곤할때 커피를 마시면 카페인의 각성 작용 때문에 기운이 나지만 다음 날은 에너지가 고갈되는 악순환으로 이어진다. 시간이 지나면 부신이 망가지고 신경계, 세포속 미토콘드리아가 망가진다. 그래서 피곤하고 스트레스가 많다면 커피는 당분간 끊는게 좋다.

2021년 식약처 고시 기준으로 우리나라에서는 카페인 함량을 90% 이상 제거하면 ‘디카 페인’으로 표기할 수 있기 때문에 같은 디카페인 커피라도 카페인의 함량 편차가 크다.
카페인이 물에 잘 녹기 때문에 아메리카노 한 잔의 평균 카페인 함량이 125mg이라고 하면 콜드브루 커피 한 잔당 카페인 함량은 212mg으로 굉장히 높은 편이다. 또 콜드브루 에는 주로 다크 로스팅 원두를 많이 사용한다는 문제가 있다.